W przypadku niektórych mokradeł, jedyne czego potrzeba dla ich ochrony, to pozostawienie ich w spokoju. Zsytuacją taką mamy do czynienia z reguły w przypadku ekosystemów naturalnych i nie zniekształconych. W wielu przypadkach nawet w zniekształconych układach działają spontaniczne siły renaturalizacyjne przyrody, którym wystarczy nie przeszkadzać. Bierna ochrona, jeżeli tylko jest możliwa, ma wiele zalet. Przede wszystkim nie pociąga za sobą kosztów, a poza tym nie niesie ryzyka popełnienia błędów w działaniu. Z drugiej strony jednak równie poważny jest błąd zaniechania działania, w sytuacji gdy interesujący nas ekosystem wymaga ochrony czynnej. 

W niektórych przypadkach ochrona bierna oznacza również konieczność wykluczenia lub ograniczenia obecności ludzkiej. Antropofobia większości gatunków zwierząt sprawia, że penetracja sąsiedztwa ich biotopów może znacznie zaburzać ich cykl życiowy. Chociaż niektóre gatunki zwierząt przyzwyczaiły się do tolerowania bliskiej obecności człowieka, inne płoszą się na jego widok nawet z daleka. Siła tej fobii bywa niedoceniana: niektóre gatunki ptaków widok człowieka na brzegu jeziora lub łodzi na tafli wody płoszy już z odległości 300-400 m.

Rozsądne jest wyłączanie, w miarę możliwości, spod presji penetracji przynajmniej części każdego większego ekosystemu mokradłowego. Na przykład w Wielkopolskim i Drawieńskim Parku Narodowym udostępniając wybrane jeziora do wędkowania postanowiono, że udostępniony będzie jeden brzeg jeziora, podczas gdy drugi będzie wyłączony. Ta zasada zasługuje na rozpowszechnienie w innych obszarach chronionych.
Obszary koncentracji ptaków wodno-błotnych powinny w miarę możliwości nie być penetrowane przez ludzi w krytycznym dla ptaków okresie lęgów, a więc mniej więcej od początku kwietnia do połowy czerwca. W okresie tym należy wykluczyć np. turystyczne udostępnienie kanałów wodnych wśród szuwarów, wysp na jeziorach itp. Tafla jezior najcenniejszych pod względem ornitologicznym powinna, przynajmniej okresowo, być wyłączona spod presji turystyki i rekreacji. Okres takiego wyłączenia, oprócz sezonu lęgowego, powinien objąć okres odbywających się na tafli wody toków niektórych gatunków, a także wodzenie piskląt, co w praktyce oznacza czas od początku marca do połowy lipca.

Konfliktu między interesami człowieka a ochroną fauny związanej z ekosystemami mokradłowymi może mieć meijsce też m.in. na rzekach, na których intensywnie uprawiana jest turystyka kajakowa. Niewielka szerokość rzeki sprawia, że zwierzęta nie mogą odsunąć się od człowieka. Na Pomorzu spływy kajakowe w okresie wodzenia piskląt przez gągoły i nurogęsi (czerwiec), powodując płoszenie ptaków, doprowadzały do rozpraszania stadek piskląt, co mogło być przyczyną ich śmierci. Dlatego w obszarach chronionych wprowadza się na rzekach okresy wyłączone ze spływów. Na Drawie w Drawieńskim Parku Narodowym okres taki trwa, zgodnie z planem ochrony Parku, od 15 marca do 30 czerwca każdego roku (obejmując także okres tarła lipienia), a na Słupi w Parku Krajobrazowym Dolina Słupi - od 1 czerwca do 15 lipca.

Wyłączenia spod presji ludzkiej wymagają także rzeczne tarliska gatunków ryb łososiowatych (październik-grudzień) oraz lipienia (kwiecień-maj). Obecność człowieka nad brzegiem rzeki, a już na pewno brodzenie w jej nurcie, może zaburzać przebieg tarła.

W szczególnych sytuacjach penetracja ludzka może zagrozić nie tylko faunie. Masowe użytkowanie rekreacyjne może zniszczyć jeziora, zwłaszcza oligo- lub mezotroficzne. Wrażliwsze od całości ekosystemu jeziornego są jego elementy: roślinność dna i brzegu jeziora (na brzegach jezior oligotroficznych występują często unikatowe zbiorowiska z rosiczkami i widłaczkiem torfowym!), która może być łatwo zniszczona przez wydeptanie.