Truizmem jest już stwierdzenie, że skuteczna ochrona jakiegokolwiek mokradła wymaga zapewnienia czystości jego wód, a ta - likwidacji źródeł zanieczyszczeń znajdujących się w jego zlewni. Chociaż sytuacja w zakresie oczyszczania ścieków bytowych i przemysłowych znacznie poprawiła się w Polsce w ostatnich latach, pamiętać trzeba, że z ekologicznego punktu widzenia bardzo istotny jest tzw. III stopień oczyszczania ścieków, tj. redukcja ilości substancji biogennych.

Część starszych oczyszczalni ścieków nie jest wyposażona w odpowiednie rozwiązania. Korzystnie jest, gdy oczyszczone ścieki przed odprowadzeniem do rzeki przepływają np. przez układ zarosłych trzciną stawów.
Czasem także sama likwidacja źródeł zanieczyszczeń nie powoduje automatycznego i szybkiego oczyszczenia wód poniżej źródła. Na przykład osady w jeziorach bądź w sztucznych zbiornikach zaporowych mogły skumulować zanieczyszczenia i obecnie są ich wtórnym źródłem.
Znacznie większym problemem dla czystości wód są nieskoncentrowane źródła zanieczyszczeń, np. pochodzących z gospodarki rolnej. Kultura w prowadzeniu tej gospodarki i przestrzeganie zasad zawartych w obowiązujących przepisach prawnych (zebrane razem przepisy te tworzą tzw. minimum rolnośrodowiskowe) powinno zapewniać podstawowy poziom zabezpieczenia mokradeł przed tym zagrożeniem.
Minimum rolnośrodowiskowe obejmuje następujące zakazy i nakazy w zakresie ochrony wód, nawożenia i stosowania środków ochrony roślin, ochrony krajobrazu i różnorodności biologicznej. Szczegółowe brzmienie tych wymogów zmienia się, a obejmują/obejmowały one m.in.:
- wyznaczenie maksymalnej dawki nawozu naturalnego zastosowanej w ciągu roku na 1 ha użytków rolnych;
- uregulowanie zasad rolniczego wykorzystanie ścieków na terenie gospodarstwa;
- zakaz tworzenia nowych, rozbudowy i odtwarzania istniejących systemów melioracyjnych;
- uregulowanie zasad stosowania środków ochrony roślin na terenie godpodarstwa.

Gospodarka rolna w zlewni interesującego nas mokradła może oczywiście w swoich proprzyrodniczych i prośrodowiskowych działaniach wykroczyć poza podane tu minimum. Rozwój ekologicznych form rolnictwa, tworzenie stref buforowych (miedz, zadrzewień śródpolnych), przekształcanie gruntów ornych na użytki zielone bez wątpienia przysłużą się ochronie środowiska mokradeł.