Ważne dla ochrony mokradła jest gospodarowanie wodą w skali całej zlewni.
Przykładowo, podstawą zapewnienia właściwych warunków wodnych mokradeł fluwiogenicznych jest zachowanie naturalnego reżimu hydrologicznego rzeki, wraz z okresami podwyższonych stanów jej wód. Jeżeli powyżej interesującego nas mokradła reżim rzeki jest modyfikowany, np. przez istniejący zbiornik zaporowy, ochrona mokradła wymaga uzgodnień co do zasad pracy tego zbiornika, ewentualnie trudnych i kosztownych rozwiązań protezujących naturalne zjawiska.