W przypadku śródleśnych torfowisk ich bilans wodny bardzo silnie zależy od transpiracji lasu w bezpośrednim otoczeniu. Wykonanie zrębu zupełnego lasu przylegającego do torfowiska powoduje zmianę poziomu wody - najpierw jego podwyższenie, prowadzące często do zatopienia powierzchni torfowiska, a następnie, w miarę wzrostu uprawy, stopniowy spadek. Prowadzi to do szybkich i niekorzystnych zmian w strukturze roślinności, np. zastąpienia cennej roślinności mszarnej przez pospolite zbiorowisko mszaru z wełnianką pochwowatą i torfowcem odgiętym. Praktyczną zasadą jest, by na zboczach mis torfowisk, a w przypadku płaskiego ukształtowania terenu na odległość trzech wysokości drzewostanu od krawędzi torfowisk, nie prowadzić użytkowania lasu rębnią zupełną, a w lasach liściastych także wielopowierzchniowymi rębniami częściowymi, wybierając łagodniejsze rębnie stopniowe i przerębowe.

Na chemizm i trofię śródleśnych jezior duży wpływ mają spływy ze zlewni. Wykonanie rębni zupełnej w bezpośrednim sąsiedztwie jeziora powoduje spływanie do niego substancji humusowych. O ile w przypadku jezior eutroficznych nie ma to zwykle większego wpływu na ekosystem, może znacząco zmienić funkcjonowanie jezior oligotroficznych i mezotroficznych, czułych na wszelkie dodatkowe dostające się do nich substancje. Szczególnie w przypadku oligotroficznych jezior lobeliowych zanotowano wiele przypadków zniszczenia ekosystemu jeziora w wyniku wykonania zrębu zupełnego przy jego brzegu. Podobnie jak poprzednio, praktyczną zasadą jest, by na zboczach mis jeziornych, a w przypadku płaskiego ukształtowania terenu na odległość trzech wysokości drzewostanu od krawędzi, nie prowadzić użytkowania lasu rębnią zupełną, a w lasach liściastych także wielkopowierzchniowymi rębniami częściowymi, wybierając łagodniejsze rębnie stopniowe i przerębowe.

Istnienie i funkcjonowanie ekosystemów źródliskowych zależy zarówno od tego, co dzieje się w bezpośrednim sąsiedztwie źródła, jak i w całej jego zlewni. Sam wypływ, stok niszy źródliskowej, odpływający ze źródła potok i cały obszar przy źródle, na którym występuje torf bądź humotorf (czarne błoto) powinien być chroniony biernie i nawet z leśnych zabiegów o charakterze sanitarnym i pielęgnacyjnym należy tu zrezygnować. W zlewni natomiast wymagają bezwzględnego zachowania wszystkie torfowiska położone powyżej interesującego nas wypływu wód podziemnych. Pamiętać tu trzeba, że specyfiką krążenia wód podziemnych jest długi czas jego trwania. Reakcja źródła np. na niedostateczne zasilanie warstw wodonośnych może objawić się dopiero po kilkudziesięciu latach.