Zagospodarowanie lasów rosnących na mokradłach w taki sposób, aby zapewnić ich trwałość, a przy tym nie zaburzyć złożonych układów hydrologicznych, jest warunkiem skutecznej ochrony zalesionych ekosystemów mokradłowych. Wymaga to zastosowania wyrafinowanych elementów sztuki leśnej, wysokich kwalifikacji i najwyższej staranności.
Podstawową zasadą powinno być ograniczenie użytkowania lasów na mokradłach. Z powodzeniem mogą one funkcjonować bez wykonania w nich zabiegów hodowlanych, a ogranicza się w ten sposób bardzo duże niebezpieczeństwo naruszenia delikatnej równowagi ekosystemów niewłaściwymi działaniami. Zasada wyłączenia spod ingerencji lasów na siedliskach bagiennych bywa wprowadzana do planów urządzania lasu szczególnie cennych kompleksów leśnych (Puszcza Białowieska), Leśnych Kompleksów Promocyjnych lub parków krajobrazowych. Z jakichkolwiek działań na pewno i wszędzie powinny być wyłączone olsy źródliskowe (szczególnie na kopułach źródliskowych) oraz typowe, nie przesuszone, bory i lasy bagienne.
Jeżeli jednak zagospodarowanie i użytkowanie lasów na mokradłach jest konieczne, sztuką staje się wybór odpowiednich metod postępowania.
W borach bagiennych, brzezinach i olsach oraz świerczynach na torfach najwłaściwszym sposobem użytkowania i odnawiania lasu jest rębnia przerębowa, polegająca na usuwaniu pojedynczych drzew. Wykonanie zrębu zupełnego w silnie uwodnionych lasach spowoduje nieuchronne wahania poziomu wód gruntowych, aż do zatopienia powierzchni włącznie. W pozostałych typach lasów stosowana powinna być przede wszystkim tzw. rębnia stopniowa udoskonalona, polegająca na indywidualnym i nieschematycznym planowaniu działań w każdym miejscu drzewostanu, przy dopuszczeniu wszystkich rodzajów cięć, zawsze jednak mając na uwadze główny cel hodowlany.
Wszelkie metody sztucznego odnowienia lasu, wiążące się z drastycznymi przekształceniami powierzchni ziemi (np. rabatowałki), nie służą ekosystemom mokradłowym; z powodzeniem można przyjąć zasadę, że miejsca, gdzie metody takie są potrzebne, bez szkody można pozostawić naturalnej sukcesji z korzyścią dla różnorodności biologicznej.
Niekiedy określone zabiegi hodowlano-leśne są w lasach na mokradłach potrzebne nie tylko po to, by pielęgnować drzewostan, ale także w celu poprawy warunków hydrologicznych. Na przykład w przesuszonych borach bagiennych silnie rozwija się podrost brzozy omszonej, a ekosystemy te ewoluują w kierunku brzezin bagiennych. Zabieg usunięcia znacznej części podszytu, połączony z trzebieżą obniżającą zadrzewienie, może być skuteczną metodą poprawy uwodnienia siedliska przez ograniczenie nadmiernej transpiracji. Oczywiście towarzyszyć mu powinny inne działania na rzecz zatrzymywania wody, np. zasypywanie rowów odwadniających i budowa zastawek.
Przy prowadzeniu gospodarki leśnej w ekosystemach mokradłowych wyjątkowej troskliwości wymaga infrastruktura związana z tą gospodarką, a szczególnie sposoby udostępnienia lasu. Naturalne jest, że ekosystemy bagienne są trudno dostępne i wykonywanie w nich jakichkolwiek prac jest trudne. Silne mogą być pokusy, by chociaż częściowo lub okresowo osuszać porośnięte lasem mokradła dla wykonania w nich prac hodowlanych. Z punktu widzenia ochrony różnorodności biologicznej niemal zawsze straty w takich przypadkach przewyższają zyski: lepiej jest całkowicie wyłączyć z zagospodarowania i pozostawić samym sobie fragmenty niedostępnych lasów bagiennych, niż powodować odprowadzenie z nich wody i umożliwiać wykonanie prac z zakresu ochrony i hodowli lasu.
Drogi leśne prowadzące przez ziemnowodne ekosystemy mokradłowe, o ile są nieodpowiednio zaprojektowane, należą niestety do najbardziej niszczących elementów infrastruktury związanej z gospodarką leśną. Istnieje bowiem sprzeczność między wymaganiami ochrony mokradła (wymagającego zachowania ciągłości siedliska i jego uwilgotnienia), a funkcją drogi - (wymagającej odpowiedniej wytrzymałości i trwałości, a więc odwodnienia). Sprzeczność ta może być złagodzona, ale nie do końca rozwiązana: nieodłączną cechą mokradeł jest bowiem ich trudna dostępność.
Budowa drogi leśnej prowadzącej przez torfowisko może być zrealizowana na kilka sposobów. Oparcie korony drogi na gruncie mineralnym to rozwiązanie, które zapewnia stabilność i wytrzymałość drogi, jest jednak niszczące dla torfowiska, ponieważ powoduje jego fragmentację i rozdzielenie na niezależne części. Żadne przepusty pod drogą, jakkolwiek byłyby liczne, nie zastąpią zachowania ciągłości złoża torfu.
Budowa drogi opartej na materiale mineralnym leżącym na warstwie torfu (czasami także na warstwie włókniny) jest nieco mniej szkodliwa, jednak tylko wtedy, gdy droga taka nie jest wykorzystywana często ani przez ciężkie pojazdy. Wszelki ruch na drodze powoduje bowiem ubijanie warstwy torfu pod drogą, do tego stopnia, że staje się ona praktycznie nieprzepuszczalna dla wody.
Jednym z lepszych rozwiązań są - stosowane w lasach od niepamiętnych czasów, a ostatnio niesłusznie zapomniane - drogi moszczone drewnem. Oparcie korony drogi na konstrukcji drewnianej umożliwia zachowanie ciągłości złoża torfowego i przenosi obciążenia w sposób nie powodujący jego kompakcji. Przy stosowaniu takich konstrukcji ważne dla ich trwałości jest, by drewno znalazło się w warunkach beztlenowych, tj. poniżej poziomu wód w torfowisku.
W przypadku innych niż torfowiska mokradeł - np. podmoklisk na podłożu mineralnym (bory trzęślicowe, wilgotne dąbrowy, wilgotne wrzosowiska, lasy łęgowe) - przecinające je drogi leśne są zazwyczaj przynajmniej okresowo trudno przejezdne, co budzi pokusy ich odwodnienia prowadzonymi równolegle do drogi rowami. Jak każdy rów odwadniający, o ile spełniają one swoją funkcję, są one niszczące dla ekosystemu mokradłowego. Żadne działania polegające np. na uformowaniu sztucznych zbiorników wodnych nie mogą zrównoważyć strat przyrodniczych spowodowanych wykopaniem takiego rowu.
Gdy drogi leśne przecinają liniowe struktury mokradłowe, np. cieki i ich dolinki, miejsca takich skrzyżowań mogą stać się punktami przerwania biegnącego wzdłuż cieku korytarza ekologicznego. Przeprowadzenie cieku pod drogą przepustem rurowym zapewnia przepływ wody, ale przerywa trasy migracji fauny. Wady tej nie mają niewielkie mostki, jednak o jak najszerszym świetle przęsła; najlepiej o konstrukcji drewnianej, mimo że jest to rozwiązanie znacznie droższe.